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北京协和医学院、中国医学科学院（简称院校）实行院校合一的管理体制，相互依托，优势互补，教研相长。她面向全国，承担着科研、教学、医疗三大任务。

院校的研究生教育始于1954年，截至1965年共招收培养研究生210余人（无学位）。1978年院校恢复研究生招生，是国务院首批批准可授予博士、硕士学位的单位，也是实行单独考试和可面向港澳台招生的院校之一。1982年组成了第一届院校学位评定委员会，并于1982年首次授予硕士学位，1985年首次授予博士学位，揭开了院校研究生教育史上新的一页。1986年7月成立研究生院，统一领导院校的学位与研究生教育工作，1996年10月顺利通过国务院学位办对33所研究生院的合格评估并正式挂牌。

北京协和医学院研究生院现下设综合办公室、招生办公室、培养办公室和学位与学科建设办公室；同时，依托分布在全国6省（市）的29个研究生培养单位（19个所属单位及10个挂靠单位），形成了院校——所院两级系统完整的多层次多类型的人才培养体系。

院校研究生教育学科门类齐全，综合优势显著。覆盖理学、工学、医学、管理学和哲学5个学科门类，培养研究生的研究领域包括基础医学，临床医学，生物学，药学，公共卫生与预防医学，中西医结合，口腔医学，公共管理，生物医学工程，图书馆、情报与档案管理，科学技术与哲学等。截至2009年12月，院校设有6个博士后科研流动站，已获得生物学、基础医学、临床医学、药学、生物医学工程、公共卫生与预防医学和中西医结合7个一级学科博士学位授权点；一级学科国家重点学科2个、二级学科国家重点学科8个、三级学科国家重点学科2个、国家重点培育学科1个；一级学科北京市重点学科1个、二级学科北京市重点学科3个、三级学科北京市重点学科1个；拥有260多个实验室，其中国家实验室1个（筹）、国家级重点实验室4个、部委级重点实验室10个；藏书超过86万册，期刊5700余种，被定为国家级中心图书馆和国家科技图书文献中心医学分中心。院校研究生教育依托院校资源办学，优良的科研设施设备、大量的前沿课题项目、充足的科研经费、雄厚的实践基地、丰富的图书文献资源、一流的导师队伍及广泛的国际合作交流等，为研究生开展学术研究、参与课题实践、锻炼创新能力提供了强大的支撑和保障。

院校师资力量雄厚，拥有一大批在医药卫生领域经验丰富、学术水平较高并做出杰出贡献的专家、教授。

研究生院1999年被教育部和国务院学位委员会授予“全国学位与研究生教育管理先进集体”称号，2008年获“北京市学位与研究生教育管理先进集体”。