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吉林大学研究生院建于1984年6月，是经国务院批准的全国22所重点大学首批试办的研究生院之一。
1996年3月，经原国家教委批准又成为首批正式建院的研究生院之一。 吉林大学研究生教育起步较早，1949年开始招收研究生班，1952年开始招收三年制研究生，1978年开始培养学位研究生。
根据国务院关于高教管理体制改革和布局结构调整的决定，经教育部批准，2000年6月12日，分别隶属教育部、卫生部、国土资源部、信息产业部的吉林大学、吉林工业大学、白求恩医科大学、长春科技大学、长春邮电学院5所高校合并组建新的吉林大学。2004年原解放军军需大学并入吉林大学。新组建的吉林大学，学位与研究生教育的学科门类更加齐全，覆盖了哲学、经济学、法学、文学、教育学、历史学、理学、工学、医学、农学、管理学、艺术学全部十二大学科门类。
多年来，吉林大学始终坚持以主动满足社会需求为导向，以提高人才培养质量为核心，着力培养研究生创新能力、实践能力和国际交流能力。通过强化培养过程管理，加强质量保证与监督体系建设，加强科学道德与学风教育。努力培养德智体美全面发展的高层次拔尖创新人才。初步形成了较为完善的高层次人才培养体系。目前，吉林大学研究生院已经成为学科门类齐全、培养质量较高的我国重要的研究生培养基地，为国家培养和输送了大批优秀人才。