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上海海事大学是一所以航运、物流、海洋为特色，具有工学、管理学、经济学、法学、文学、理学和艺术学等学科门类的多科性大学。2008年，上海市人民政府与交通运输部签订协议，共建上海海事大学。
      上海海事大学研究生教育始于1979年，是我国首批经国务院学位委员会批准有权授予硕士学位的高等院校之一。1986年7月成立研究生部，2014年4月成立研究生院，负责全校研究生教育和教学管理工作。1994年起具有单独入学考试招收在职研究生的自主权；1995年获准面向港澳台地区招收研究生；1996年开始与荷兰马斯特里赫特管理学院联合培养工商管理硕士（mba），并获得外国留学生招生权；1997年成为全国56所工商管理硕士（mba）研究生办学试点单位之一，并获得在职人员以同等学力申请硕士学位授予权；1998年成为博士学位授予单位，同年开始招收企业及经济管理部门管理人员在职攻读工商管理硕士（mba）学位，并获得工程硕士专业学位授予权。截至2018年6月，2个博士后科研流动站（交通运输工程、电气工程），4个一级学科博士点（交通运输工程、管理科学工程、船舶与海洋工程、电气工程），17个二级学科博士点，16个一级学科硕士学位授权点，59个二级学科硕士学位授权点，12个专业学位授权点。拥有11个省部级重点研究基地。现有1个国家重点（培育）学科，1个上海市高峰学科，2个上海市高原学科，9个部市级重点学科，工程学科进入esi全球前1%。5个国家级特色专业，1个国家级综合改革试点专业，6个教育部卓越工程师教育培养计划专业，17个上海市本科教育高地。现有2个国家级实验教学示范中心，2个国家级虚拟仿真实验教学示范中心，5个国家级实践教学示范中心，1个全国示范性工程专业学位研究生联合培养基地。设有水上训练中心，拥有万吨级集装箱教学实习船“育锋”轮，4.8万吨散货教学实习船“育明”轮。
      实行校院二级管理体制，现设有商船学院、交通运输学院、经济管理学院（设亚洲邮轮学院）、物流工程学院（设中荷机电工程学院）、法学院、信息工程学院、外国语学院、海洋科学与工程学院、文理学院（设马克思主义学院）、徐悲鸿艺术学院、物流科学与工程研究院、上海高级国际航运学院等二级办学部门。学校致力于培养国家航运业所需要的各级各类专门人才，已向全国港航企事业单位及政府部门输送了大量毕业生，被誉为“高级航运人才的摇篮”。