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浙江中医药大学是全国首批具有硕士学位授予权的高校之一。1978年开始招收硕士学位研究生;1998年获得博士学位授予权;2000年获准开展临床医学(中医、中西医结合)硕士专业学位工作;2003年获得中药学一级学科博士授予权,获准设立中医学一级学科博士后科研流动站;2006年成为推荐优秀应届本科毕业生免试攻读硕士学位研究生工作单位;2007年获准设立中药学一级学科博士后科研流动站;2011年获得中医学一级学科博士授予权,临床医学、药学一级学科硕士授予权;2012年获准设立中西医结合一级学科博士后流动站;2018年获得中西医结合一级学科博士授予权。