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广东医科大学第一次党代会确立了“以普通本科教育为主体，大力发展研究生教育，积极开展留学生教育和继续教育”的办学层次定位。在工作中研究生院通过系列改革，使研究生教育呈现出良好的发展态势。

学校研究生教育始于1985年，1986年获国务院学位委员会第三批硕士学位授予单位，2003年获得同等学力在职人员申请硕士学位授予权，2003年获临床医学硕士专业学位培养单位，2013年我校获批为新增博士学位授予单位。现有博士学位授权一级学科点1个（临床医学），硕士学位授权一级学科点6个，硕士专业学位授权点3个。（截至2019年12月）