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2009年，经国家教育部批准，清华大学整合医学、生物、工程、化学等多学科优势，设立药学本科学位授予点，并在此基础上招收“医学药学实验班”，旨在培养药学领域高端人才，满足国家战略需求；2012年1月，经校务会议讨论，决定成立清华大学药学系，英文名称department of pharmacology and pharmaceutical sciences，并于同年11月举办了建系仪式，由刘刚教授担任系主任；为更好地满足药学学科发展需求，为早日实现建设世界一流、一流前列、顶尖大学的目标同步贡献力量，经校务会议讨论，决定成立清华大学药学院，英文名称school of pharmaceutical sciences，英文缩写sps。2015年12月25日，药学院正式成立。2015年12月至2022年6月，由丁胜教授担任首任院长；2022年7月起，由钱锋教授担任院长。