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福建医科大学图书馆始建于1937年，经过八十多年人文与历史的积淀，伴随着学校智慧校园建设发展，图书馆不断完善图书信息资源建设，着力构建现代医学文献信息资源，提升图书资源服务工作举措，已形成面向我校教学、科研和医疗等服务的现代化图书馆。图书馆内部管理机构设有办公室、文献资源建设部、流通阅览部、技术服务部、学科服务部、文化建设与阅读推广部、医学信息检索教研室等部门。

学校图书馆分别由旗山校区图书馆、乌山校区图书馆、四所直属附属医院（附属协和医院、附属第一医院、附属第二医院、附属口腔医院）分馆等三个部分组成，总建筑面积达2.75万平方米。截止2022年8月31日，馆藏纸质图书总量173.54万册，电子图书449.46万册，电子期刊78.43万册，学位论文670.27万册，音视频66213小时。数据库62个（包含子库），其中包含cnki、万方、维普等中文数据库30个，ovid外文医学检索平台、lww医学全文期刊、ebmr、bp、fmrs、牛津、海量外文图书等外文数据库28个，自建库4个，附属医院数据库2个。数据存储容量总计近60t。校本部图书馆1991年4月被国家卫生部教育司确定为全国医学图书馆文献资源共享网络系统省级中心馆。