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福建中医药大学图书馆创办于1958年,设有采编部、流通部、技术部、文献检索与教学部、办公室等部门,以及中国中医药文献检索中心福建分中心、闽台中医药文化文献研究中心等2个中心。经过60多年的发展,图书馆“淀积资源、传播文化、交流学术、服务师生”的职能日益彰显,形成了纸质文献与电子文献齐头并进的馆藏格局。截止2022年12月,纸质资源总量达149万册(其中线装古籍图书2223种,共计11826册);电子图书139万册;中外文数据库(含本馆自建数据库)30多个,文献资源基本覆盖了学校的各学科领域,为学校的教学科研和学科建设提供了信息资源保证。